הקרן הבינלאומית לשימור של האו"ם הכריזה לאחרונה על הכללתו של גן לאומי בית שערים, הכולל בתוכו מערות קבורה מימי המשנה והתלמוד - ברשימת האתרים בסכנת הרס עולמית לשנת 2002. מערות הקברים העתיקות בגליל התחתון סובלות מקריסה הדרגתית המביאה לנזקים כבדים במקום. הכללתן ברשימה התאפשרה לאחר פניית רשות הטבע והגנים לקרן הבינלאומית, ובכך הן מתווספות לרשימה מפוארת של אתרים ידועים הנמצאים בסיכון, בהם פטרה שבירדן, השוק העתיק בדמשק, ואתרים בפרו, גוואטמלה, מכסיקו, קליפורניה, וניו יורק.
הגן הלאומי בית שערים סובל ממספר בעיות. שורשי עצים ושיחים חודרים דרך תקרת המערות התת-קרקעיות, תוך פירור הסלעים ופגיעה בחלל המערות המאיימת על שימור הקברים. קריסת התקרות מלווה בנפילת אבנים על גבי הקברים. ההרס המתמשך בתשתית המערות גורם לחילחול מים דרך הסדקים שנוצרו בקירות המערות, המגביר את הפגיעה ביציבות הקברים ואת סכנת הקריסה של המערות.
לסכנת הקריסה של המערות מצטרפים נזקים כבדים שנגרמים לכתובות המצוירות והחרוטות על כותלי מערות הקברים. לאלה אחראים מיקרואורגניזמים החיים בתוך חלל המערות ומעכלים בהדרגה את צבעי הכתובות ואת הסלע עליו הן חרוטות. גם המבקרים הרבים באתר גורמים נזקים כבדים, בכללם שבירתם של חלק מהממצאים וחריטה על הגיר הרך תוך גרימה הדרגתית להיעלמותם של כתובות עתיקות הנמצאות במקום.
מאז שנת 1996 מפרסם האו"ם מדי שנתיים רשימה של אתרים היסטוריים, ארכיאולוגיים ואחרים בעלי ייחוד ברמת בינלאומית, הנמצאים בסכנת הרס. חלק מהאתרים מקבלים סיוע תקציבי ומחקרי על ידי הקרן, המיועדים לשיפור ולשיקום. עד כה פורסמו ארבע רשימות ובהם כ-400 אתרים ברחבי העולם הנמצאים בסכנת הכחדה.