הזרוע הצבאית של הג'יהאד האיסלמי, פלוגות אל-קודס, קיבלה (שישי) אף היא אחריות על התקרית בחאן יונס בין חמושים פלסטינים לחיילי צה"ל. לדברי הזרוע, העימות עם החיילים בוצע "בתגובה על מעשי הטבח שמבצעת ישראל ברצועת עזה ועל מנת להדגיש את בחירתנו באופצית ההתנגדות והג'יהאד".