יצחק וקנין החל את הקריירה הפוליטית בשלטון המקומי. בשנים 1982-1987 כיהן כמזכיר היישוב גרנות. בשנים 1988-1996 כיהן כיו"ר ועד מושב יערה. בשנים 1988-1993 כיהן כמזכיר המועצה האזורית מעלה יוסף. בשנים 1993-1996 כיהן כראש המועצה הדתית מעלה יוסף.
ב-1996 נבחר וקנין לכנסת מטעם ש"ס. באוגוסט 1999 מונה לסגן שר התקשורת אך עזב את התפקיד עם פרישת ש"ס מממשלת ברק. במאי 2001 מונה לסגן שר העבודה והרווחה בממשלת שרון.