חלק מרכזי ממסע הבחירות של ברק היה הבטחה שבתום שנה לכהונתו כראש ממשלה, יוציא את צה"ל מרצועת הביטחון בדרום לבנון, תוך הנחה שהפתרון למשבר הביטחוני יוכל לבוא רק על ידי הסכם שלום עם סוריה. על-אף שהשיחות עם סוריה עלו על שרטון, כאמור לעיל, החליט ברק לקחת את הסיכון שבהוצאת צה"ל מלבנון ללא הסכמים שיבטיחו כי חזבאללה לא יתקוף את ישראל לאחר הנסיגה.
על-סמך ההבטחה לסגת מלבנון שנה לאחר הקמת ממשלתו, הציפיות היו שהנסיגה תתקיים ב-6 ביולי 2000. בסופו של דבר, התבצעה הנסיגה ב-24 במאי, שישה שבועות לפני המועד הצפוי. הסיבה העיקרית להקדמת מועד הנסיגה הייתה שצבא דרום לבנון התפורר. כחלק מהשיחות עם סוריה עמד ברק על כך שצד"ל ישולב בצבא לבנון לאחר נסיגת ישראל מלבנון. מכיוון שהשיחות עם סוריה נכשלו, הייתה תחושה בצד"ל שהארגון לא יוכל לשרוד לאחר הנסיגה. עם התקרבות מועד הנסיגה, מרבית חיילי צד"ל עזבו את עמדותיהם. חלקם העדיפו לברוח לישראל מאשר לסכן את גורלם בלבנון, וחלקם בחרו להשאר בלבנון ולתת לממשלת לבנון למצות איתם את הדין.