ב-17 באוקטובר 2001 נרצח רחבעם זאבי על ידי שלושה מתנקשים פלסטינים. בני אלון החליפו בתפקיד שר התיירות, ובמאי 2002 נבחר ליו"ר מולדת. באפריל 2002 ח"כ יצחק לוי התפטר מתפקידו כיושב ראש מפד"ל, ותא"ל (מיל.) אפי איתם נבחר על ידי מרכז המפלגה כיו"ר החדש. מרכז המפלגה החליט גם על הצטרפות לממשלה האחדות בראשות אריאל שרון, ובוחר את אפי איתם ויצחק לוי לתפקידי שרים בממשלה. בשנת 2003 האיחוד בין מולדת לשאר מפלגות האיחוד הלאומי נשאר על כנו, והמפלגה קיבלה 7 מנדטים.