בשנת 2005, בעקבות מחלוקת אידיאולוגית וקרע בין איתם לאורלב ומרכז המפלגה, פרשו אפי איתם והרב יצחק לוי מהמפד"ל והקימו את סיעת ציונות דתית לאומית מתחדשת. ב-9 בפברואר 2006 הכריזה המפד"ל על ריצה ברשימה משותפת לכנסת ה-17 ביחד עם סיעת האיחוד הלאומי. המפד"ל קיבלה 7 מתוך 15 המקומות הראשונים ברשימה המשותפת, ואולם לבסוף זכתה בשלושה מנדטים בלבד, משום שהרשימה גרפה רק 9 מנדטים בבחירות 2006. בנובמבר 2008, לקראת הבחירות לכנסת השמונה עשרה, אישרה ועידת המפד"ל את פירוק מוסדות המפלגה ואת התמזגותה בתנועת ימין חדשה בשם "הבית היהודי", לצד תנועות מולדת ותקומה. בעקבות הדירוג הנמוך ברשימה לכנסת, חברי מולדת פרשו מהמפלגה הטרייה, וחברו למפלגת התקווה שהקים אריה אלדד. בנוסף, בני אלון הודיע על פרישתו מהחיים הפוליטיים.