בתחילת שנות ה-80 ירד כוחה של המפלגה, ובבחירות 1984 היא זכתה ב-4 מנדטים בלבד. ב-1986 התמנה זבולון המר למנהיג המפלגה במקום ד"ר יוסף בורג. ב-1988 הוקמה מפלגת מולדת על ידי רחבעם זאבי, שזכתה בשני מנדטים בבחירות שנערכו באותה שנה. זאבי הצטרף כשר בלי תיק לממשלת שמיר, והמפלגה פרשה מהממשלה בשל נכונות שמיר להשתתף בוועידת מדריד.
בעקבות ניצחון מפלגת העבודה בבחירות 1992, המפד"ל מוצאת עצמה, לראשונה, מחוץ לקואליציה במהלך כל הקדנציה. מולדת הגדילה את כוחה לשלושה מנדטים. ב-1996, בעקבות נצחון נתניהו שבה המפד"ל לשולחן הממשלה. יו"ר הסיעה זבולון המר נפטר שנתיים מאוחר יותר. בבחירות הפנימיות נבחר יצחק לוי לרשות המפלגה. המפד"ל מיתנה את עמדותיה לקראת הבחירות ב-1999 ולאחריהן השתלבה בקואליציה שהקים אהוד ברק. במקביל, לקראת הבחירות ב-1999 התאחדה מולדת עם מפלגת תקומה (שהורכבה מפורשי המפד"ל) ומפלגת חירות (שהורכבה מפורשי הליכוד-גשר-צומת) ברשימת האיחוד הלאומי, מתוך כוונה ליצור אלטרנטיבה ימנית יותר לליכוד. האיחוד הלאומי זכתה ב-4 מנדטים בבחירות אלה.