ב-18 בדצמבר 2005 לקה ראש הממשלה שרון באירוע מוחי קל, והאירוע הפנה את תשומת הלב הציבורית לכך שלמפלגה לא נקבעו מוסדות או מנגנון המסדיר את תפקודה גם בהיעדרו של שרון. ב-4 בינואר 2006 לקה שרון באירוע מוחי קשה, ומאז הוא שרוי בתרדמת.
לאחר אשפוזו של שרון מונה אהוד אולמרט כממלא מקומו בתפקיד ראש הממשלה ויושב ראש המפלגה. בהיעדר מוסדות והליך בחירה דמוקרטי, הרכיב אולמרט בעצמו את רשימת המפלגה לכנסת. במהלך מערכת הבחירות הציג אולמרט את תוכנית ההתכנסות לנסיגה ביהודה ושומרון ועיצוב גבולות קבע, תכנית שנגדה את הקו המדיני בו נקט שרון בפומבי אחר תוכנית ההתנתקות, כששלל נסיגות חד צדדיות נוספות.
ב-28 במרץ 2006 התקיימו הבחירות לכנסת ה-17. בתום ספירת הקולות קדימה הוכתרה כמפלגה הגדולה ביותר עם 29 מנדטים, ואולמרט הרכיב את הממשלה ה-31. ב-4 במאי 2006, הציג אהוד אולמרט את ממשלתו בפני הכנסת ה-17, וזכה לאמונם של 67 חברי כנסת ממפלגות קדימה, הגמלאים, העבודה וש"ס. כמו כן, באותו היום נבחרה פה אחד יו"ר הכנסת, דליה איציק, האישה הראשונה מאז הקמת המדינה המכהנת בתפקיד זה.