בבחירות 2006 קיבלה ש"ס 12 מנדטים, והצטרפה לממשלת אהוד אולמרט. לש"ס שלושה שרים בממשלת אולמרט ויושב ראש המפלגה ישי הינו חבר בקבינט המדיני ביטחוני. לאחר התפטרותו של אולמרט, ציפי לבני ניהלה משא ומתן עם ש"ס בניסיונה להקים ממשלה חדשה, אך זה לא עלה בידיה. כישלון המשא ומתן הביא להתקפות הדדיות, כשלבני הצהירה כי אסור לתת לש"ס את תיק החינוך, ונענתה על ידי ח"כ יעקב מרגי: "קדימה תמכור את המדינה לערבים". ההתבטאות של מרגי והפניית הגב ללבני ביססו את ש"ס בצד הימני של המפה הפוליטית לקראת הבחירות לכנסת ה-18.