רשות הטבע והגנים את הכניסה לשבע מערות ברחבי הארץ, המוכרות כאתרי שינה של עטלפי החרקים. בכניסה למערות האסורות הוצבו שלטים, והעבריינים שייתפסו עלולים להיענש בשל פגיעה בערכי טבע מוגנים. הרשות מוסיפה בקשה כללית מהציבור שלא להיכנס למערות שאינן מוכרזות כאתרי טיולים במהלך החורף, על שום החשש הכבד לגורל העטלפים.
בין החודשים נובמבר ומרץ, חשופים עוד יותר העטלפים לפגיעת האדם משום שהם נכנסים בתקופה זו לתרדמת החורף שלהם. הם נאחזים בכותלי מערות אפלות הפזורות בכל רחבי הארץ, מתכסים שכבת שומן עבה, וכמו דובים הם הולכים לישון, צוברים כוחות, ומקיצים רק עם בוא האביב.
במערות הארץ, במיוחד בגליל, בכרמל ובגולן, קיים מגוון יוצא דופן של עטלפים, המהווים מעל שליש ממיני היונקים של ישראל. בסך הכל חיים כאן 32 מינים שונים של עטלפי חרקים, המצוים כולם בסכנת הכחדה חמורה. מאז שנות החמישים חלה ירידה תלולה במספר המערות המאוכלסות עטלפים, כמו גם במספר הפרטים למערה. רוב המינים הפכו נדירים, ונראה שמינים אחדים נכחדו או מצויים על סף כליה.