
בני (בנימין) אלון נולד בירושלים, למשפטן מנחם אלון, לימים המשנה לנשיא בית המשפט העליון.
בוגר החינוך הדתי לאומי ובוגר ישיבות גבוהות של חינוך זה. בעל הסמכה לרבנות ושימש בתפקיד זה במספר ישיבות. הקים עם חנן פורת את ישיבת בית אורות על הר הצופים, כניסיון ליצור בית מדרש חדש שהדגש בו יהיה על יצירה.
בתקופת חתימת הסכמי אוסלו, עמד ביחד עם משה פייגלין ושמואל סאקט בראש תנועת ההתנגדות לממשלת רבין, "זו ארצנו". ב-1996 נבחר לכנסת ה-14 מטעם מפלגת מולדת בראשות רחבעם זאבי. ב-1999 נבחר לכנסת ה-15 במסגרת האיחוד הלאומי, במקום החמישי ברשימת הסיעה והשני במפלגת מולדת. היה יו"ר סיעת האיחוד הלאומי - ישראל ביתנו. לאחר הירצחו של רחבעם זאבי בידי אנשי החזית העממית בירושלים מונה לראש סיעת האיחוד הלאומי ושר התיירות. במאי 2002 גבר ברוב של 66% על פלמ"ח זאבי, בנו של רחבעם זאבי, והפך ליו"ר מפלגת מולדת.
בבחירות לכנסת ה-16 הוצב במקום השני אחרי אביגדור ליברמן בסיעת האיחוד הלאומי, שכללה את ישראל ביתנו, מולדת ותקומה, ונתמנה לשר התיירות בממשלתו השנייה של אריאל שרון. בהיותו בתפקיד זה הציע את המתווה האזורי לשלום. ביולי 2004 פיטר רה"מ שרון את השר אלון בעקבות התנגדותו לתוכנית ההתנתקות.
אלון פועל רבות לחיזוק הקשר האידיאולוגי בין הימין הישראלי לאוונגליסטים בארה"ב, השותפים לתפיסה הרואה את שיבת ישראל לארצו כהתגשמות נבואות התנ"ך, ומאמינים בזכות ישראל על ארצו. אלון עצמו מקפיד שלא להיעזר בגופים אלה כמקור מימון אלא כבני ברית פוליטיים בלבד. אשתו, אמונה אלון, היא סופרת ופובליציסטית.
אחיו הוא הרב מרדכי אלון.