ביוני 1994, עם בחירתו של חיים רמון ליו"ר ההסתדרות ופרישתו ממשרד הבריאות, מונה לכהן בראש המשרד. הוא מילא תפקיד זה עד הבחירות ביוני 1996.
באוגוסט 1999, אהוד ברק ראש הממשלה - דאז מונה גם כשר הביטחון סנה תפקד כסגנו והיה אחראי במידה רבה לפעילותו השוטפת של משרד הביטחון. במהלך כהונתו פיקח על פעולות בטחוניות רבות: נסיגת צה"ל מלבנון, אינתיפאדת אל-אקצה ועוד. בתפקיד זה כיהן עד כינון ממשלת שרון במרץ 2001, בה מונה לשר התחבורה. בתחילת נובמבר, אותה שנה התפטר סנה מהממשלה ביחד עם שאר שרי העבודה.