השתחרר משירות צבאי ב-1982. לאחר שחרורו הצטרף לסוכנות היהודית וכיהן כיועץ ראש המחלקה לעליית הנוער בשנים 1984-1988 וסמנכ"ל המחלקה לעליה וקליטה בשנים 1986-1988.
במפלגת העבודה מילא שורה של תפקידים, בהם יו"ר ארגון הסטודנטים של המפלגה, חבר לשכה ומזכיר המשמרת הצעירה של המפלגה. כמו כן כיהן בהנהלת גופים ציבוריים רבים, בהם הרשות לשיקום האסיר והוועד האולימפי של ישראל.
במאי 1996 נבחר לכנסת מטעם מפלגת העבודה. בשנת 1999 מונה על ידי ראש הממשלה, אהוד ברק, ליו"ר סיעת העבודה והקואליציה. לאחר התפטרות שרי מרצ מונה גם ליו"ר ועדת חוקה, חוק ומשפט.
בשנת 2001 מונה לתפקיד מזכ"ל מפלגת העבודה לאחר התפטרות המזכ"ל רענן כהן. הוא פרש מתפקיד זה בשנת 2003.
ב-2005 זכה במקום הראשון בהצבעה במרכז מפלגת העבודה לקביעת שרי המפלגה בקואליציה עם הליכוד והתמנה לשר הפנים בממשלת שרון השלישית. לאחר כשנה בתפקיד פרש מהממשלה יחד עם חברי מפלגתו.
ב-4 במאי 2006 הושבע פינס כשר המדע והטכנולוגיה בממשלת אולמרט. במהלך כהונתו בתפקיד קיבל פינס את אות אומ"ץ לשמירת המינהל התקין, הצדק החברתי ושלום הציבור. ב-30 באוקטובר 2006 התפטר מהממשלה כמחאה על הצטרפות סיעת ישראל ביתנו לקואליציה ומינויו של אביגדור ליברמן לשר. בפברואר 2007 נבחר פינס ליו"ר ועדת הפנים והגנת הסביבה. ב-24 באפריל 2008 זכה פינס ב"אות אביר איכות השלטון" מטעם התנועה לאיכות השלטון.
בפריימריז של מפלגת העבודה בדצמבר 2008, הגיע פינס למקום השני בין המתמודדים ברשימה הארצית. בהתאם לכך, מוקם במקום השלישי ברשימת המפלגה לכנסת ה-18.
פינס נשוי ואב לשניים.