כוננות חירום הוכרזה במרחב האווירי של מדינת ישראל. בהודעה שפרסם משרד התחבורה נמסר כי ב-24 השעות הקרובות לא תתאפשר נחיתת מטוסים של חברות תעופה זרות בנמל התעופה ע"ש בן גוריון. זאת, במסגרת אמצעי האבטחה עליהם החליט שר התחבורה, אפרים סנה בעקבות התקפת הטרור הקשה על ארה"ב. הנחיתה בנמל התעופה "בן גוריון" תותר רק למטוסי חברות התעופה הישראליות, אל על, ארקיע וישראייר.
בנוסף, נסגר נמל התעופה לטיסות יוצאות של חברות התעופה הזרות. לפיכך, המטוסים היחידים שיורשו לעזוב את השדה יהיו מטוסי שלוש חברות התעופה הישראליות. גם טיסותיהן של החברות הישראליות יוגבלו ביעדיהן. היעד היחיד אליו תצאנה טיסות ביממה הקרובה הוא אירופה.
שר התחבורה אפרים סנה, השוהה כעת בניו יורק, היה עד להתרסקות שני המטוסים הראשונים על מגדלי התאומים.