הפנטגון דיווח לפני זמן קצר על שני מטוסי נוסעים חטופים הטסים בארה"ב, ככל הנראה בדרכם להתרסק בשטחי ארה"ב. מטוסי קרב אמריקאים מסיירים בשמי ניו יורק, במטרה להתחקות אחר יעדם.
בשעות הצהריים התפוצצו שני מטוסי נוסעים שנחטפו אל תוך בנייני התאומים. בעקבות ההתרסקויות קרסו לחלוטין שני המגדלים. שעה קלה אחר כך פגע מטוס שלישי חטוף בבניין משרד ההגנה (פנטגון)בוושינגטון, אחת מחמש צלעות הבניין קרסה. ליד משרד החוץ בבירה התפוצצה מכונית תופת, נזק כבד נגרם לבניין. מטוס רביעי התרסק לפני זמן קצר בפיטסבורג שבמערב פנסילבניה. עדיין לא ברור אם הוא קשור להתקפת הטרור. האמריקאים מפנים מבנים חשובים של הממשל ואלפים מהאזרחים נראים נמלטים מגורדי שחקים.
רשת הטלוייזיה "סקאיי" הבריטית פרסמה כי על פי ההערכות ראשונות: 25 אלף בני אדם נהרגו בניו יורק. ראש העירייה, רודולף ג'וליאני אמר כי "מעולם לא ראיתי דבר כזה בימי חיי, מספר הקורבנות עצום".
מינהל התעופה של ארה"ב הפסיק את כל הטיסות בשטחי המדינה, והנחה את המטוסים שעשו דרכם לארה"ב, לנחות בקנדה.גם בקנדה הוכרז על מצב חירום וחברת התעופה אייר קנדה הודיעה על הפסקת כל טיסותיה.