ועדה בהשתתפות מנכ"לי משרדי איכות הסביבה, התשתיות, החקלאות, התיירות והמשרד לפיתוח אזורי, החליטה ביום שני לדחות את עיקרי דו"ח המדענים באשר למקורות הזיהום במפרץ אילת, ולדרוש את תיקונו. הוועדה קיבלה בכך את עמדת המשרד לאיכות הסביבה, ועדת הפנים של הכנסת והארגונים הירוקים, שטענו כי חלק ממסקנות הדו"ח התקבל על סמך בסיס עובדתי שגוי, ולפיכך מייחס הדו"ח את הזיהום לגורמים לא רלוונטים.
עיקר הוויכוח באשר לדו"ח המדענים נסוב סביב מידת תרומתם של כלובי הדגים במפרץ לזיהום. בעוד הארגונים הירוקים ושורה של מדענים גורסים כי כלובי הדגים הם הגורם הראשי לזיהום המים, מייחס להם דו"ח המדענים חשיבות משנית בלבד. על פי הדו"ח השנוי במחלוקת, שני מקורות הזיהום העיקריים הם הביוב של עקבה ומפעלי הפוספטים של העיר, ואילו חוות הדגים הם הגורם השלישי בחשיבותו.
מנכ"ל המשרד לאיכות הסביבה, יצחק גורן, ושורה של ארגונים סביבתיים ומדענים, טוענים כי למסקנות אלו אין כל תוקף, וכי שני הגורמים אינם מסוגלים כלל לזהם את המפרץ, אלא במינונים נמוכים במידה ניכרת מכפי שנטען בדו"ח. זאת, משום שהפוספטים המיוצרים במפעל אינם מסיסים כלל, ואילו ביוב עקבה הוסדר באמצע שנות ה-80' ומאז אינו נשפך כלל אל הנמל. לטענתם, מסקנות המדענים נכתבו מבלי שאלה ביקרו כלל בעקבה והסתמכו על מקורות לא אמינים.
בהודעת הוועדה צוין, כי "בעקבות ביקור של מנכ"ל המשרד לשיתוף פעולה אזורי בנציבות עקבה, ובהמשך לקריאתה של ועדת הפנים ואיכות הסביבה בכנסת, החליטה ועדת המנכ"לים כי היא אינה מקבלת את מסקנות צוות המומחים הבינלאומי, ככל שהן נוגעות לירדן ומבקשת את צוות המומחים הבינלאומי לתקן את מסקנותיו באשר לירדן".
מחוות הדגים נמסר בתגובה, "כי כל בדיקה נוספת שתברר את עניין זיהום מפרץ אילת ועקבה מקובלת עלינו ואנו מברכים עליה. העניין אינו משנה את מה שקבע דו"ח המומחים הבינלאומי לגבי חוות הדגים. מדובר בדו"ח המקיף ביותר שנכתב עד כה בעניין זיהום המפרץ, והוא מציג תכנית הבראה כוללת למפרץ, אותה יש ליישם לאלתר. חבל שגורמים אינטרסנטים מעכבים את יישום המלצות הדו"ח וממשיכים במלחמתם בחוות הדגים בניגוד לדעת המומחים".
מנהל האגף לשימור הסביבה בחברה להגנת הטבע, עמית שפירא, מסר בתגובה לידיעה כי סיכום ועדת המנכ"לים מוכיח שוב כי "כלובי הדגים הם המקור העיקרי לזיהום המפרץ. יש להורות על הוצאת הכלובים מן המים, ובשלב הראשון לצמצם פעילותם".
מדענים: השונית על סף הכחדה
בחמש השנים האחרונות חלה הידרדרות קיצונית במצבה של שונית האלמוגים באילת. בשנת 2000 היו 70 אחוזים מאלמוגי השמורה מתים, בעוד קצב ההתחדשות של האלמוגים שואף לאפס. מינים רבים של דגים ויצורים ימיים נעלמים בשנים האחרונות מן השונית, וככל הנראה נגזר גורלה למות לאיטה אם לא ישתנו תנאי הזיהום במפרץ באופן דרסטי תוך שנים אחדות. ההערכות, אגב, מדברות על חמש שנים עד להכחדה מוחלטת של החי במפרץ אילת.
הגורמים למצב השונית נוגעים למוקדי זיהום אחדים במפרץ. חוות הדגים מזהמות את המים בחומרי דשן, בלכלוך הנושר אל קרקעית הים, ובדגים מהים התיכון הזרים למערכת האקולוגית של אילת ובורחים מדי פעם מן הכלובים. במרינה נפלטים מהיאכטות העוגנות בה שפכים סניטריים, שמנים, דלקים וכימיקלים שונים. תקלות בביוב העירוני של אילת גורמות לגלישתו לים, ולבסוף, התיירים הרבים השוחים במים מסבים אף הם נזק לשונית. כתוצאה מכך סובלים מי מפרץ אילת מהעשרה מתמשכת של פחמן אורגני וחומרי דשן (חנקן וזרחן), שריכוזם במי המפרץ הוכפל במהלך 25 השנים האחרונות. מבין הגורמים שנמנו, טוענים רבים בתוקף כי כלובי הדגים הם המקור הראשון במעלה לזיהום.