השר להגנת הסביבה גדעון עזרא הביע את התנגדותו לבניית גדר ההפרדה ב[[מדבר יהודה]], בטענה שהעבודות, שהחלו לאחרונה, פוגעות במדבר. כך דווח ב"ידיעות אחרונות".
עזרא פנה לשר הביטחון עמיר פרץ, ואמר לו שניתן למצוא פתרונות ביטחוניים אחרים, אשר יהיו זולים יותר, ולא יפגעו בערכי הטבע.
עלות הקמת הגדר במדבר יהודה נאמדת בכחצי מיליארד שקלים. מנזקי בנייתה: צמצום שטח המחייה של חיות המדבר, פגיעה בזרימת המים בוואדיות וחריצת אדמת המדבר.