במשרד הבריאות התבססו על תכנית "מגן חינוך" בהמלצתם לפתוח את בתי הספר, אך רק ב-1.5% מהמוסדות מבצעים את הבדיקות המדגמיות - כך עולה היום (ראשון) ממידע שהגיע לידי וואלה!. בשבוע הראשון של חזרת כלל התלמידים לשגרה, שהיה גם השבוע הראשון לדגימות, 80 בתי ספר מתוך 5,219 פעלו לפי התכנית.
הסיבה המרכזית לפער טמונה בדרישה להסכמת הורים. הבדיקות מתבצעות בכיתות בהן מתקבל אישור של 75%, וילד שהוריו לא הסכימו - לא ייבדק. לפי משרד החינוך, מדובר במאות בודדות של מוסדות חינוך בהן יש כיתות הזכאיות להצטרף לתכנית, כך שלמעשה גם מתוך אותם 80 מוסדות, ישנן כיתות שלא נדגמות.
למשרד החינוך אין נתון מדויק אודות מספר הכיתות, משום ש"התכנית השתנתה". בנוסף לכך, במשרד לא הציבו יעד למספר הכיתות או המוסדות שהם מייעדים לתכנית, כך שכל עוד אין יעדים הנתונים יישארו נמוכים, וכך לא יהיה ניתן לאבחן תחלואה סמויה בקרב תלמידים, שלרוב הם א-סימפטומטיים.
במשרד הבריאות מאוכזבים מהמספרים הנמוכים של הכיתות בתכנית, וטוענים כי רק על סמך זה המליצו לפתוח את כל המערכת. בכיר במשרד הבריאות אמר לוואלה! כי "במשרד החינוך היו עמוסים בלפתוח את המערכת, אבל גם שנה אחרי פרוץ המגפה לא עסוקים באיך לפתוח אותה באופן הזהיר והנכון ביותר. במשרד החינוך לא נערכו טוב לפתיחה ההמונית, אך כך זה היה נראה גם בפתיחות הקודמות".
על פי נתוני משרד הבריאות, ישנם חמישה בתי ספר המוגדרים "אירועי התפרצות". בבני ברק, בבית הספר היסודי קרלין סטולין, אומתו חמישה תלמדים משלוש כיתות שונות. מנהל בית הספר סירב לשתף פעולה עם החקירה האפידמיולוגית ואף שינה גרסאות כדי לצמצם בידודים של הכיתות. בית הספר לא שיתף פעולה גם לאחר התערבות משרד החינוך, הרשות המקומית והמחלקה החרדית במגן ישראל. במשרד הבריאות שוקלים להמליץ לרופאת המחוז לסגור את בית הספר.
בבית הספר אלתמן בנתניה אותרו שמונה מאומתים, חמישה מתוכם השתתפו באותו אירוע ביום העצמאות. בכפר סבא, בית הספר בית יעקב יצהר נמצאו ארבעה מאובחנים בשלוש שכבות שנות. חמש כיתות הוכנסו לבידוד מתוך 15 כיתות בסך הכל. גם בבית הספר הדמוקרטי בפרדס חנה אומתו שמונה חולים חדשים, אולם בית הספר נחשב למוקד אוכלוסיית מתנגדי החיסונים ולכן טרם נערך שם דיגום.