סוכנויות מודיעין אמריקניות מעריכות כי חמאס וקבוצות פלסטיניות נוספות השתמשו בבית החולים שיפא ובמתקנים מתחתיו כדי לפקד על כוחות, להחזיק חטופים, לבצע פעולות פיקוד ובקרה ולאחסן אמל"ח. הערכה אומרת כי כמה ימים לפני כניסת כוחות צה"ל פינו ארגוני הטרור את רוב המתחם בנוסף להשמדת מסמכים חשובים ואמצעי אלקטרוניקה, כך אמר היום (רביעי) פקיד אמריקני לסוכנות הידיעות רויטרס.