גורמים ביטחוניים הגיבו הבוקר להקמת ישיבת חומש בשומרון, ומתחו ביקורת על שר הביטחון יואב גלנט, שלטענתם אישר את המהלך. "החלטה שמביכה את צה"ל, שמוגדרת בשלב זה כלא חוקית על אף שמדובר באדמות מדינה", אמרו הגורמים והוסיפו שאישור המהלך עקף את מתאם פעולות הממשלה בשטחים. "זה מערער יציבות ומתסיס את השטח, ועלול לגרור את האזור לחיכוך ופיגועים", טענו.