אחד ממפקדי השייטת לשעבר הוא בין השישה שעוכבו לחקירה הבוקר (ראשון) במסגרת פרשת הצוללות. בין החשודים שעוכבו גם אלוף (מיל') אליעזר (צ'ייני) מרום ובכיר לשעבר בלשכתו של ראש הממשלה בנימין נתניהו. מעצרם של השישה התאפשר לאחר חקירתו של עד המדינה מיקי גנור, שתיווך בעסקת הצוללות מטעם התאגיד הגרמני "טיסנקרופ".