המוסד האקדמי הוקיע את המעשים המיוחסים למרצה למתמטיקה, שמואשם בתכנון פיגועים נגד מאות אזרחים ערבים. זאת, בזמן שאנשי הסגל, שמודאגים מפני פרסום שלילי כדוגמת יגאל עמיר, חרדים מתדמיתה של בר אילן בעולם